Вперше згадується як адміністративний та військовий підрозділ Ніжинського полку на початку 1654 року. Вочевидь сформувалася між 1651-1653 pp. у складі Новгородського полку (1653-1654 pp.) як друга Новгородська сотня. У 1663 р., при створенні Іваном Брюховецьким Стародубського полку, була введена до його адміністративної території, в якій і перебувала до ліквідації у 1782 р. Населені пункти Шептаківської сотні увійшли до Новгород-Сіверського намісництва. Сотенний центр: село Шептаки, нині - однойменне село Новгород-Сіверського району Чернігівської області.
Сотники: Кириленко Тимофій (1654-1660). Ісаєнко Василь (1660-1677). Бунак Юрій (1672). Тимох (1680). Ларко Тимофійович (1682-1687). Тимофій Андрійович (1688). Маньківський Карпо Іванович (1692-1701). Шейменко Василь Тимофійович (1709-1720). Шейменко Нестор Васильович (1723). Шейня Іван Васильович (1725-1727 н.). Немирович-Данченко Гнат (1727). Маньківський Іван Карпович (1728-1757). Маньківський Петро (1759-1778). Худорба Архип (1779-1782).
В "Генеральному описі Малоросії" 1765-1769 pp. за сотнею записано також наступні населені пункти: села - Старе Жадове, Ковпинка, Радомка, Чудівці і Шевченкове; слободи - Єльня Руднівська, Кирилівка, Лосева, Машівська, Ольшанка, Старогутище; хутори - Варва та Кропивний.
Заруба В.М. Адміністративно-територіальний устрій та адміністрація Війська Запорозького у 1648-1782 рр. – Дніпропетровськ, 2007. – С. 218-219.
1732 год
Сотня Шептаковская
Сотник Шептаковский Иван Манковский Хоружий сотенний Иосиф Яковлев Асаул Григорий Кононенок Писар Тимофей Панковский
Рядовое товариство Самон Космачов Клим Жуков Павел Кочережчин Леон Омелков Гришка Космачов Михайло Комачов Марка Куличин Андрей Домнич Конон Щерба Тимох Окуленков Андрей Колоцуцок Игнат Тарасов Яков Дубина Остап Матвеев Михайло Милючин Василь Треселин Симон Корначов Григорий Грицов Левон Радченок Конон Гапеенок Данило Игнатенок Хома Кримский Самон Сенчишин Данило Быков Данило Комар Григорий Быков Дмитро Черняков Павел Кгрек Иван Лозовий Демян Комендант Ярох Парфенов Михал Белоок Лазар Голик Федор Кудленок Гаврило Филонов Иван Козлик Павел Ходинич Астап Бгмутец Грицко Бгмутец Нестер Чорноштан Отрох Фесенков Тимофей Иосифов Василь Слесар Игнат Панченок Яким Журченок Михал Джуган Матвей Асауленок Иван Кадуля Тимох Борисенок Марка Кустан Сидор Голик Антон Голик Матвей Акулов Левон Заец Алексей Сов Марко Павлов Тихон Кот Григорий Ковал Петро Отрохов Стефан Санков Ярмола Манджосов Гришка Пискрат Евтух Арденок Клим Пирожков Михайло Пятчин Кирей Лобанов Мойсей Данилин Иван Карастак Семен Бородин Мойсей Пигачин Михаил Козарез Ничипор Гвоздиков Ничипор Шарпанов Гапон Капуста Мартин Самонов Семен Санков Семен Клисак Михал Криволапов Овсей Савеников Данило Скоробогатий Гаврило Гучач Отрох Мазов Григорий Усов Иван Макаренко Василь Хомашин Иван Швец Василь Хвецкого Борис Кротов Овсей Боринчин Кузма Котов Андрей Тростенков Игнат Бураков Иван Чанов Гаврило Чанов Алексей Ковалев Денис Андреев Гордей Горин Сапрон Андреев Роман Прищен Исай Левонов Кондрат Хвостов Левон Андреев Яков Дичин Костя Трусов Яков Пилипов Хведор Подголин Михал Сопонов Сако Маидруенок Пантелимон Санков Олисей Запорожец Тарас Кислого Андрей Полевцов Овтух Полевцов Евдоким Апанасенков Яков Апанасенков Андрей Кулманов Муйсей Бурянов Семен Бурянов Иван Еврашко Клим Климов Василь Гарбуз Костя Кротов Кирило Лосов Ярмола Розумного Андрей Филипов Сила Молчанов Василь Мирочник Никита Положок Григорий Будел Ничипор Мякочин Павел Тимохов Халимон Сухтеев Кузма Лабан Харитон Гарбуз Иван Горбачов Тарас Нужного Демян Кравцов Василь Данченков Савка Пикуликов Тимох Сопронов Иван Швец Осип Штиков Евхим Штиков Оникий Шарпанов Остап Данилин Степан Тютюнников Иван Шарпан Степан Лабнюков Стефан Волевачов Антон Волевачов Курило Волевачов Апанас Секунов Терех Поскрабчин Пантелимон Левонов Апанас Букаченко Апанас Шостопалого Корней Пчолников Кондрат Клишков Гапон Лябехов Макей Ладнюков Евтух Димус Максим Моложавий Данило Козарезов Окула Онопреев Осип Левонов Денис Демянов Максим Патриваев Максим Федоров Семен Кручок Артем Подолшинний Яков Мелючонок Семен Кулешев Пархом Кулешев Евтихий Кулешев Борис Прокуренок Никита Шупеня Яким Степанов Алексей Гулок Грицко Ипаченок Алексей Сорокин Прокоп Судак Петро Цинбалистенок Андрей Адаминок Никита Смеленок Федор Джелка Антон Щерба Петро Коптев Иван Коптев Лазар Архипенок Иля Сорокин Антип Иллющенок Яким Военинок Яким Василченок Клим Павленков Артем Клищенок Евдоким Дупликов Омелян Овсяников Костя Горгорцов Филип Коцубай Никита Бражинок Хлор Ревенок Мойсей Цикаленок Гордей Хандожчинок Яков Безрученок Семен Козленков Курило Козленок Андрей Цикуленко Яков Нивицкий Апанас Трихонов Филип Вавулин Марко Ивашнев Андрей Галущин Федор Иващенихин Кондрат Салников Дмитро Козел Лаврен Белоруцкий Иван Лень Терех Бурикин Матвей Хмелюк Левон Лукяненок Улас Буртил Лукян Димидов Демян Архипенок Андрей Истоменок Федор Гарпинка Иван Илляний Петро Королишин Меркурий Павленко Тарас Иллин Никита Иванченок Яким Дорошенок Максим Васков Кузма Шалаев Юрко Шалаев Стефан Шалаев Иван Кукшин Игнат Ковтун Василь Тимошенков Иосиф Семенов Отрох Тимошенков Кузма Костенков Павел Белдюга Исай Яшков Иван Басов Семен Рева Антон Кононов Мартин Гащенков Иван Прохоров Петро Бунаков Сопрон Обара Иван Гудименок Левон Ляшенок Ларко Артюхов Илля Глущенков Корней Лопатинский Павел Кононов Григорий Нестеренков Никита Гомонов Яков Яшков Иван Гомонов Антон Венгоров Алексей Соколов Семен Сенченок Самон Сенченок Игнат Матвеев Тимох Пасев Остап Пасев Отрох Терехов Данило Лобанов Василь Лобанов Ларко Лобанов Василь Сибын Иван Грибуткин Роман Лукашенков Андрей Венгеров Купрей Венгоров Иван Бубликов Стефан Бубликов Сивко Сичов Данило Мурин Тимох Петраченок Опанас Холодний Ярох Хлоров Кузма Хирин Исай Пелюшкин Михал Пелюшкин Тимох Белдлягин Тимох Лукянов Алексей Будников Гришка Гарунов Опанас Писев Лаврен Богомазов Ярема Клеова Яким Хирин Илля Хирин Павел Пащенок Кондрат Штуленок Омелко Лосев Павел Хлоров Мойсей Хлоров Гаврило Лейнин Мойсей Суховеев Кузма Раманов Михал Тимошенков Овсей Сердюченков Никита Кононов Иван Ляшенков Евстрат Овдеенков Федор Бунаков Иван Сенченков Гаврило Кожухов Процко Шалудяченок Юрко Ащерин Алексей Яркун Иван Северилов Андрей Гришин Исай Сердюков Сидор Усиков Улас Фирсин Яким Довбак Карп Борович Евфим Ходин Василь Пилипенков Михал Тарасов Яким Лукашенков Степан Никитенок Корней Ковшиков Василь Фирсин Тимох Гарун Алисей Гарун Василь Магонин Остап Чорномаз Прокоп Цверкунов Федор Савецкий Тимох Житняк Иван Фесенков Харитон Варушила Тимох Чмирон Яким Пущай Денис Ковшун Василь Тюров Павел Голиков Максим Бондаренков Иван Бондаренков Карп Бондаренко Николай Ярохов Савка Кондратов Иван Холодного Федор Хирин Денис Потапиков Прокоп Магонин Никита Жоров Андрей Сичов Ничипор Ребячого Кондрат Видутин Максим Кгакгай Остап Трипузенок Александер Трипузенок Никипор Примаченок Кондрат Будник Федор Касенок Василь Векуненок Иван Будник Устим Немцов Аврам Немцов Тихон Кавеня Дмитро Момонов Дмитро Потерайский Мойсей Потерайский Герасим Ус Кирей Манин Павел Побвенок Илия Манин Иван Попелущенок Фома Пелущенок Кондрат Пик Яким Артемов Тимох Кулешонок Исай Середа Феско Тишченко Авакум Кулага Тимох Кулага Никипор Терещенок Семко Букас Яцко Барабашенок Иван Савченок Евдоким Барабашенок Василь Барабашенок Клим Цинбалистенок Левон Литвин Грицко Алющенок Иван Алющенок Малах Иванченок Гришко Симоненок Исай Аксенов Оникей Антонов Овсей Дученок Тишко Дученок Каленик Дученок Анисим Дученок Сахон Деребин Илля Швец Никита Мовчанов Симон Стезна Артем Рудий Иван Дубник Лукян Порохнач